上海在跨行政区划法院改革建设中，要处理好跨行政区划法院与行政区划法院、跨行政区划法院与铁路法院、跨行政区划法院与跨行政区划检察院、跨行政区划法院改革与知识产权法院改革等关系，构建案件管辖、组织机构、工作机制等体系，坚持统筹推进、同步推进、联动推进、有序推进等原则。跨行政区划法院改革面临的困难和瓶颈体现在：一是需要进一步强化跨行政区划法院发展的顶层设计；二是与铁路法院改制改革有待协调；三是跨行政区划案件管辖范围标准尚不明晰，管辖体系有待完善；四是跨行政区划管辖带来保障机制问题。今后应对跨行政区划法院案件管辖体系、法院组织体系和审判工作制度体系进行完善。