党的十八届三中、四中全会决定设立跨行政区划人民法院、检察院，提出了逐步构建一般案件在普通法院审理，特殊案件在跨行政区划法院审理的新型诉讼格局。本文在探究跨行政区划检察院的历史渊源、设立背景和价值目标的基础上，着力对上海市人民检察院第三分院在跨行政区划检察院改革，诸如组织机构、案件管辖、业务管理等工作实践进行全方位的解析，回顾改革探索的成效，分析存在的问题，并对跨行政区划检察院设立的三种模式进行了利弊分析，提出一些前瞻性的观点和建议，以期引起理论界、实务界广泛的思考和探讨，为下一步深化跨行政区划检察院的改革提供有益的参考。