新兴的非公募基金虽然势头看好，却也面临下列发展问题：第一，亟须整合基金会发展所需的相关专业知识与能力， 以因应未来发展挑战，例如基金会内部治理、责信及资讯透明，社会创新战略规划、社会发展问题解决方案、社会服务项目绩效评估以及社会发展议题倡导及资源整合等等；第二，非公募基金会依赖个人或企业捐助，除公益独立性容易招致质疑外，多数以传统慈善捐赠的方式进行的慈善公益，更会面临资金来源可持续的问题。