在转基因食品标识制度选择中，消费者权益是一个重要的考量因素，要求对转基因食品进行强制标识的群体往往以此为诉求。但事实上，我国采取强制标识制度难以避免侵犯消费者权益的行为，采取自愿标识的国家，其消费者权益也能得到有效保护，因此对于何种标识制度最有利于保护消费者权益仍有探讨的空间。通过探讨转基因食品强制标识和自愿标识对消费者知情权、选择权的影响，认为强制标识和自愿标识均能保护消费者知情权，但强制标识制度依赖政府良好的管理能力，自愿标识制度依赖完善的市场机制和不同食品行业的良性竞争。在选择权的保护上，强制标识和自愿标识均会面临食品一元化导致的选择不能。强制标识和自愿标识在保护消费者的知情权和选择权上并没有本质上的优劣之分，但在不同的选择下，要根据各自的困境采取不同的应对措施。