区域创新系统研究得到重视的一个重要原因是美国硅谷的崛起，硅谷的神奇让人们认识到“区域”在创新体系中扮演的重要角色。区域创新系统研究的另一个思想来源是产业集聚效应。因此，区域创新系统的理论来源有两个：一个是国家创新体系理论；另一个是渐进经济学和现代区域发展理论。