自主创新活动决不是一个偶然的单一因素起作用的过程，而是由经济、社会、科技和各项政策等多种因素相互作用所决定的、具有一定自组织性的系统动力学过程。区域创新系统建立的核心主体是企业，科研成果和人力资源的供给是大专院校和科研院所的责任，政策调控中枢是政府管理部门，而推动成果转化的中间环节就是中介服务机构。在市场经济条件下，科技中介服务机构是知识和技术流动、扩散与转移的桥梁，是科技与应用、生产及消费不可缺少的服务纽带，是高科技成果转化为现实生产力、体现技术创新水平的一个明显标志。构建区域创新系统是一个相当长而又不断升级的过程，不仅需要院所、大学、企业和政府等多主体的广泛参与，而且完善的区域创新系统必然是兼顾市场配置资源基础性作用及政府宏观调控与导向功能，通过有效的制度安排和政策充分激励各微观主体，同时还要完善创新环境，活跃创新文化，充分动员全社会的力量参与和支持创新创业。

完善的科技创新系统动力机制是推动科技创新持续不断进行的重要保证。创新系统的研究重点是整个创新体系中的交互作用的联系和网络，区域创新系统建设与运行的动力在于要素间的相互作用和交互作用。这些作用是通过知识和技术在主体间的流动形成的，这些作用在要素网络中的形成就构成区域创新系统的动力结构。但已有的研究多侧重于对创新动力系统构成要素的研究，如有学者认为，适应社会需求——科技创新的牵引力；弘扬科学精神——科技创新的支撑力；营造政策环境——科技创新的推动力。尽管如此，从系统学的角度进行系统要素间、子系统间的相互关系分析比较罕见，缺乏对创新系统动力运行机理的相关研究；且在已有成果中，多认为创新动力要素之间存在简单的线性叠加关系，缺乏对动力要素间非线性作用的描述。因此，结合区域创新系统结构与特征，从系统化角度，构建打造区域创新系统的相应结构化动力体系、借鉴“三螺旋”互动上升模式、创新“人体化”结构模型、优化官产学研金的合作体系等，使区域创新系统动力结构在系统化基础上以不同的方式运行。