契约治理和关系治理是农民专业合作社在处理与社员关系时常用的两种重要治理模式。两者各有利弊，根据合作社不同发展时期社员与合作社交易的资产专用性、交易频率、不确定性的特点，再结合合作社的发展需求及核心社员和普通社员对合作社发展的相对重要性，分析不同情境下合作社对核心社员和普通社员的适宜治理模式。总结起来，随着合作社的发展，合作社对核心社员的关系治理程度由高向低变化，对普通社员的关系治理程度的变化则相反。但对不同社员的契约治理程度都呈现出增强的趋势。就合作社整体治理而言，契约治理的成本随合作社发展规模的扩张不断下降，关系治理的成本则相反，因此，关系治理最终将让位于契约治理。