霍梅尼确立的教法学家统治下的伊斯兰政府体制是对什叶派政治思想的理论创新，在此前什叶派与国家的关系史上是从未出现过的。它改变了宗教体制与国家之间的关系，也改变了什叶派宗教学者阶层长期保持的独立传统。不过，这一理论及最初在伊朗的顺利实践，是以宗教学者和民众对最高领袖——具体来说是对霍梅尼——的普遍认可和赞同为基础的。与其他一些倡导伊斯兰政府的学说相比，这一实践过于强调最高领袖个人的权威，而淡化了宗教学者作为一个整体对伊斯兰国家的监护权和指导权。在现实中一方面是宗教学者内部独立的倾向一直在加强，即使原本属于统治精英的宗教学者当中也出现了异议；另外一方面是民众对伊斯兰名义下的专制统治和不景气的经济局势不满，频频起而抗议。这使得伊朗这个以什叶派为主导性宗教的国家，很难再像伊斯兰革命初期那样维持某种一致性。革命所倡导的伊斯兰团结也未能如期望的那样在国内消除教派之间的分歧、在国外形成一个泛伊斯兰的联盟。虽然在现代社会当中，一些团体和个人常常会以“宗教”或是“教派”作为自己身份认同的标尺，但事实证明，以一种宗教色彩的意识形态作为现代民族国家认同的基础，或是试图以一种宗教理想主义的口号来谋求国家的政治利益，本身会面临巨大的障碍。

霍梅尼在伊斯兰革命中曾倡导“不要东方、不要西方，只要伊斯兰”。在革命的热潮退去之后，以什叶派为旗帜的伊斯兰革命思想似乎已经失去了吸引力。以什么来取代革命式的什叶派意识形态？在现存的体制和西方式自由民主道路之外，是否还存在第三条发展道路？这一切都尚在探索之中。