伊拉克什叶派的政治运动在20世纪80年代后期陷入低谷。1990年8月伊拉克入侵科威特后，什叶派的反政府活动曾一度出现了小高潮。伊拉克入侵邻国的做法与其一直强调的泛阿拉伯主义认同背道而驰，遭到各阿拉伯国家的谴责。什叶派反对派利用这一时机，与国内的其他反对派合作，号召推翻萨达姆的独裁统治，建立一个自由民主的新国家。由于伊拉克军队遭到重创，复兴党力量撤离南部地区，当地警察局也被遗弃，使得伊拉克出现了短暂的权力真空。伊拉克南部什叶派趁势发动起义，以巴士拉为中心与政府军直接对抗。接着，纳杰夫和卡尔巴拉也爆发了冲突。由于美国的封锁，伊拉克政府对这一地区控制力较弱。一些曾被驱逐出境的伊拉克人乘势返回并参与战斗，还有一部分伊朗伊斯兰革命卫队成员也参与了战斗。40088642但是，西方国家并未如早期许诺的那样，为什叶派的行动提供进一步支持。伊拉克政府军对起义进行镇压，据说还动用了生物化学武器，数万人因此丧生，许多什叶派清真寺和宗教圣地被毁坏，还有不少人逃往两河流域南部的沼泽地带，避居在那里和伊朗边境、沙特边境的伊拉克什叶派难民大概有30万人。

1991年南部什叶派起义的失败让伊拉克什叶派背负了巨大的心理负担。官方舆论指责南部什叶派是伊拉克国家中的外国人，是愚昧落后的野蛮人。他们拒绝复兴党带给伊拉克的社会进步和发展的福祉，妨碍国家统一。很多民众也指责什叶派是西方势力的附庸，是伊朗的附庸——尽管什叶派很难同时是这两者的附庸。在此后的十余年里，什叶派反对派的活动主要以国外为基地，在伊拉克国内则趋于平寂。因此，在2003年美军进入伊拉克之后，伊拉克国内的什叶派最初并没有如美国预期的那样揭竿而起。

美国的入侵把伊拉克什叶派置于一个两难境地，是选择本国的逊尼派暴君，还是青睐外来的基督徒侵略者和“解放者”？在其他民众为萨达姆的倒台欢欣鼓舞的时候，巴格达什叶派聚居的萨达姆城没有什么举动。正如伊拉克南部希拉城的一名什叶派青年在接受《纽约时报》采访时所说，“为了除掉侯赛因·萨达姆，我们出卖了我们的国家”40088643。什叶派痛恨复兴党的统治，但是也为萨达姆政权是西方势力而非伊拉克人所推翻而感到耻辱。

美国的军事存在遭到了逊尼派的激烈抵抗。什叶派作为伊拉克国民，同样对美国在伊拉克的长期目标怀有戒心，但是占领毕竟为一直处于弱势的什叶派提供了难得的政治活动空间。这促使什叶派重新自我定位，努力改变逊尼派主宰近一个世纪以来所形成的那种少数派心理，让什叶派政治反对派重新充满活力，从而把人口优势转化为政治权力。在这种情况下，高级什叶派宗教学者没有号召对占领者展开圣战。对美军来说，什叶派聚居的萨达姆城一度是巴格达最安全的地方。实际上，什叶派领导人整体上对美国人显示出良好的意愿，即使比较激进的萨德尔运动，初期也对美国持友好的态度。在被问及可否按照要求签署协议、参与过渡政府的工作时，隶属于该运动的哈齐玛清真寺的舒韦利（‘Abd al-Rahman al-Shuwayli）说，“会与联合过渡政府合作，服务于伊拉克人民”40088644。而伊斯兰召唤党的胡达尔·加法尔（Khudayr Ja’far）说得更为明确，他说“我们不想让美国撤走。希望美国帮助我们，以便建立起伊拉克人自己的机构”40088645。

自美国入侵伊拉克至今的8年多时间，什叶派从人口统计学上的多数派变成了事实上的多数派，在伊拉克政治舞台上的作用日益重要。在对目前伊拉克什叶派社团可能在国家中发挥的作用与影响进行考量之时，至少应当注意到以下几种力量。