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阿富汗抗苏战争的结束加速了巴基斯坦国内教派冲突恐怖化的速度。1988年5月苏联开始从历时近10年的阿富汗战场上撤军，曾作为重要外援参与阿富汗抵抗运动的“圣战者”陆续返回巴基斯坦。他们在阿富汗游击战争中掌握的军事技能和战斗技巧，以及在反苏氛围下培养起来的圣战观念，都成为巴基斯坦国内教派冲突升级的推动力。穆罕默德军（Sipah-i Muhammad Parkistan，SMP）和吉汗维军（Lashkar-e-Jhangvi，LJ）两个极端军事组织的成立，以及此后双方互相袭击和暗杀的一系列事件，成为教派冲突的主要内容。
吉汗维军的成立与圣门弟子军有一定的关系。1989年圣门弟子军领导人吉汗维在什叶派武装分子策划的报复性炸弹袭击中身亡。之后，新成立的什叶派武装组织穆罕默德军不断采取行动，又有多位圣门弟子军的领导层成员在袭击中身亡。一部分圣门弟子军成员认为圣门弟子军态度过于温和，没有继续遵循吉汗维制定的路线。他们从圣门弟子军中分化出来，自称吉汗维军，组成了一个教派主义的准军事组织。
吉汗维军的领导层和一些成员有在阿富汗从事反苏“圣战”的经验，在思想上倾向极端的教派主义。在沙特的经费资助和瓦哈比派的思想激励的作用下，该组织迅速发展壮大，成为教派冲突的积极策划者和实施者。据估计，仅在1996～2001年，它就参与策划了350多起针对什叶派的暴力袭击事件。
在什叶派当中，侯赛尼去世之后，继任TNFJ领导人的萨基德·纳卡维（Sajid Naqvi）开始淡化伊朗意识形态的影响，将该运动改名为巴基斯坦加法里派教法运动（Tahrik-i Ja’fariyya Pakistan，TJP），主张以温和路线缓解教派间的紧张关系。但是什叶派内部存在多种力量，很难形成一致的权利目标和斗争策略，加上对政府的不信任根深蒂固，政党化的趋向并没有成为什叶派参与政治的主要手段。而TJP内部的意见不一，使得它与逊尼派的武装冲突并未停止，这也阻碍了它成为合法的宗教政党。相反，更为激进的一些新组织开始出现，成立于1992年前后的穆罕默德军站在了教派斗争的前沿。
穆罕默德军的大本营在拉合尔郊区的什叶派人口聚居区，主要由来自中小城镇的青年宗教学生组成。自成立后，该组织在旁遮普、卡拉奇等地多次策划和实施反逊尼派的报复活动，暗杀或伏击了多名逊尼派政府高官和武装组织的领导人。在逊尼派的圣门弟子军活动最积极的旁遮普省占格市，它鼓动什叶派聚众示威，要求拆除当地一座以第三任哈里发欧麦尔命名的古城门。
外界一度认为穆罕默德军是TJP的青年支队，但是实际上两者并无联系。相反，穆罕默德军对TJP奉行的教派和解主张持批评态度，认为它未能保护什叶派不受逊尼派的武装侵袭。而TJP虽然不对穆罕默德军的武装活动进行明确的谴责，却一直谨慎地与之保持距离。不过，对一些极端逊尼派组织来说，这两个组织虽然采取的策略不同，其目的都是要取代逊尼派在巴基斯坦的主流地位，因此都是自己的对手。
圣门弟子军和穆罕默德军虽然分属逊尼派和什叶派，但其组织架构和行动方式颇为相似。组织的领导层往往都具有在阿富汗参加反苏游击战的背景，成员以中小城镇的青年学生为主。在冲突中，它们诉诸暴力、暗杀的斗争手段如出一辙，但又对对方的暴力活动严加谴责。从组织动员和社会网络方面来说，双方都利用分布在各地的清真寺和宗教学校，以此作为招募新人、宣传极端主张的重要渠道。不同之处在于前者的主要支持者是正在兴起的逊尼派城市中等阶层，而后者主要依靠掌握土地的什叶派乡村地主阶层。
两个组织制造了多起报复和杀害对方领导人、伏击普通成员、在对方清真寺设置炸弹的流血事件。每年什叶派传统的阿舒拉节纪念活动期间，更是逊尼派对什叶派进行侵扰、什叶派随后对逊尼派进行报复的高峰期。从1988年起，什叶派和逊尼派之间的恶性冲突不断发生，而且呈进攻、报复、反报复这样一个不断升级的恶性循环状态。在TNFJ领袖侯赛尼被暗杀之后，1989年，逊尼派组织圣门弟子军的领导人吉汗维被暗杀；1990年，逊尼派极端组织在拉合尔暗杀了伊朗使馆文化专员；1991年，圣门弟子军的一名领导人被暗杀，此后又有18名成员在吉尔吉特被杀害；1992年，白沙瓦什叶派的阿舒拉节哀悼活动受到逊尼派极端分子的骚扰，冲突中15人遇难；1994年1月，穆尔坦的一座什叶派清真寺遇袭，6人死亡，21人受伤；此后一个月中，旁遮普地区发生5起两派互相报复的暗杀事件；1995年，卡拉奇等地4个什叶派清真寺先后被攻击，逾40人死亡；1996年8月，圣门弟子军的12名成员在卡拉奇被杀；1996年9月，两派在潘杰纳尔（Pachinar）发生冲突，逾200人被杀……流血事件一桩接着一桩，死亡人数越来越多。
