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1996年，塔利班组织在阿富汗掌握了政权，塔利班与巴基斯坦国内极端逊尼派组织的密切联系及相互支持，使教派冲突变得更为复杂。
巴基斯坦与阿富汗接壤，两国之间有长达2500公里的边界线。塔利班的建立本身就与巴基斯坦的支持密不可分。20世纪80年代末苏联撤军之后，美国对阿富汗兴趣骤减。为了防止阿富汗与伊朗，特别是印度建立过于密切的关系，巴基斯坦以在阿富汗建立一个受其影响的政府为目标，活动非常积极，其军队和情报系统在培训塔利班人员方面发挥了重要作用。在塔利班掌权后不久，巴基斯坦即予以承认，是全球仅有的三个曾承认塔利班政权的国家之一。
塔利班组织的主要成员是逊尼派普什图族穆斯林，在意识形态上奉行瓦哈比主义，对什叶派持严苛的排斥态度。在阿富汗掌握政权之后，他们以自己对伊斯兰教狭隘地理解为依据，对其他派别的穆斯林进行了残酷的迫害。仅1998年攻占马扎里沙里夫城
“9·11”事件之后，美国把消灭基地组织和阿富汗塔利班政权作为反恐战争的首要目标。布什总统在参众两院联席会议上公开宣布“每一个地区的每一个国家现在都必须做出选择：要么站在我们一边，要么站在恐怖分子一边”。因为与阿富汗毗邻，巴基斯坦在美国的反恐战争中具有重要的战略地位。美国逐步改变了冷战结束后与巴基斯坦的冷淡关系，开始谋求合作。
出于国家安全、经济复苏、核设施和克什米尔问题等方面的考虑，巴基斯坦政府开始在反恐战争中为美国提供帮助。布什总统在2001年9月22日宣布取消因为巴基斯坦核试验而实施的经济制裁，并提供了双边的军事和经济援助。而巴基斯坦同意美国使用自己的军事基地、为反恐提供有关情报和后勤服务、封锁阿巴边境。两国的关系开始升温。在巴基斯坦的配合下，美国虽然当时未能抓获基地组织和塔利班的头号人物，但是于2002年1月正式宣布阿富汗境内的塔利班组织彻底瓦解。在此后的清缴任务中，巴方继续为美国提供帮助。
为了避免刺激国内伊斯兰极端势力，巴基斯坦最初采取间接方式介入反恐战争。但是这并未能阻止国内教派矛盾的激化。国内的伊斯兰激进力量对政府亲近美国、打击塔利班的做法非常不满。人民党和穆斯林联盟都指责穆沙拉夫政府屈服于美国，要求其下台。极端组织多次在境内策划恐怖袭击事件，与此同时一些塔利班分子通过阿巴边境进入巴基斯坦，使得巴基斯坦国内的局势更加动荡不安。
2006年之后，塔利班死灰复燃，阿富汗局势再次紧张。溃逃到巴基斯坦的塔利班组织在和巴基斯坦本土的极端组织结合后，不断巴基斯坦化。巴基斯坦西北部的联盟管辖部落地区的主要居民是普什图人，他们与塔利班的主要人群语言、文化、宗教相同，边境民族历史上自由往来的习惯并没有因为现代国家边界的划分而停止。塔利班分子可以自由地在两地之间往来，他们“进，可以抢夺阿富汗国内政权，扩大声势和影响；退，可以坐拥大批虔诚而激进的宗教学生支持，并得到部落长老和清真寺的庇护”
塔利班组织的不断巴基斯坦化，不仅对美国的反恐战略是一个巨大的挑战，它还使得巴基斯坦国内的教派冲突日益激化。塔利班组织与巴基斯坦逊尼派极端组织圣门弟子军、吉汗维军等联手，在两国接壤的巴基斯坦西北边境地区活动频繁，在奎达、亨古等地策划了多次针对什叶派的恐怖袭击活动，造成大批无辜平民伤亡。比如，2002年，奎达的12名哈扎拉族什叶派警察被枪杀；2003年，奎达的什叶派大清真寺遭袭，53人死亡；2004年3月，奎达另外一座什叶派清真寺遇袭，47人死亡；2004年5月，卡拉奇什叶派的阿里·礼萨清真寺受吉汗维军自杀式炸弹袭击，40多人死亡；2009年阿舒拉节哀悼活动期间，卡拉奇的40多名什叶派信徒因自杀式炸弹袭击身亡；2009年2月，塔利班组织伏击了一辆什叶派学生乘坐的校车，3名儿童被杀，还有6名被绑架。
可以说，塔利班卷入巴基斯坦的教派冲突，使得教派冲突扩大化和恐怖化。在1997年之前，被锁定为暗杀袭击目标的，主要是双方在宗教和政治领域的领导阶层，或是任职于政府的公务人员，比如警察、法官等。但1997年后袭击的范围不断扩大，一些并不参与教派冲突的有名望人士，如医生、律师、商人、知识分子、技术人员也成为暗杀的对象。而且在集市、学校、清真寺等地使用汽车炸弹、自杀式炸弹的方法，更使得大量无辜平民成为牺牲品。近年来，过去多针对什叶派的恐怖袭击事件，也出现了向苏非派、逊尼派中的大众派巴尔维派（Barelvis）蔓延的趋势。2007～2009年，白沙瓦一地就发生了4次针对苏非派圣地的袭击事件。而在过去的一年中，拉合尔、帕克帕坦、白沙瓦和卡拉奇等地都有重要的苏非派场所受到攻击，数十人因此而丧生。
