拉美议会的机构由大会、领导委员会、常设委员会、总秘书处等组成。

议会大会为拉美议会最高权力机构。1995年以前每两年举行一次会议，1995年修改后的新章程规定每年举行一次会议，轮流在各成员首都或首府举行。必要时经1/3成员申请，可举行特别会议。大会的主要职能是制定拉美议会的行动方针，批准新成员的入会申请、选举其他组织机构的领导、审议并通过拉美议会预算草案等。大会通过的决议为建议性质，不具法律效力。

领导委员会是大会休会期间的日常工作机构，由议长，1名候补议长，副议长（每成员各1名），秘书长，1名候补秘书长，3名分别负责委员会、议会间关系和机构间关系的秘书，1名卸任议长和协商理事会主席（只有发言权）组成。每6个月举行1次会议，必要时可举行特别会议。领导委员会的任务包括：推动拉美地区非成员国议会的加入，应成员国的要求为其提供咨询，保持并加强与立法机关、政府以及国际组织的关系，等等。领导委员会中的议长、候补议长、秘书长、3名秘书和1名卸任议长共同组成拉美议会的领导小组，负责在领导委员会的授权下决策、指导、规划、协调和评估拉美议会的活动。

总秘书处是拉美议会的办事机构，兼有协调和监督的职能，负责召集各种成员会议，协助领导委员会准备大会议程和起草工作文件，散发协议、提案或声明，执行预算并向大会提出财政报告。现任秘书长是阿根廷正义党参议员索妮亚·埃斯库德罗（Sonia Escudero）。

拉美议会还设有常设委员会。根据2002年第19届议会大会的决议，常设委员会的数目由原来的21个减少到13个，包括：政治、城市和一体化事务委员会，经济、社会债务和地区发展委员会，农业、牧业和渔业委员会，教育、文化、科技和通信委员会，土著人和种族事务委员会，性别平等、儿童和青少年委员会，健康委员会，人权、公正和监狱事务委员会，市民安全、打击和预防毒品、恐怖主义和有组织犯罪委员会，能源和矿业委员会，环境和旅游业委员会，劳动、社会保障和司法事务委员会，公共服务和保护消费者及用户权利委员会。这些委员会负责分析、研究和调查成员国或地区的有关情况，并提出报告。

协商理事会是拉美议会的咨询机构，负责立法和咨询工作，由拉美议会的前议长和最多10名有突出贡献的议员和前议员组成。协商理事会成员任期2年，可连任。现任主席是乌拉圭的胡安·阿道夫·辛赫尔（Juan Adolfo Singer）。

此外，拉美议会还有3个分别负责委员会、机构间关系和议会间关系的秘书处。