拉美禁核组织成立以来，共有10人先后担任秘书长，前9位分别是墨西哥人卡洛斯·佩翁·德尔瓦耶（Carlos Peón del Valle，为临时秘书长，1969～1970）、厄瓜多尔人莱奥波尔多·贝尼特斯·比努埃萨（Leopoldo Benites Vinueza，1971）、墨西哥人安东尼奥·冈萨雷斯·德莱昂（Antonio González de León，为副秘书长，1971～1976）、乌拉圭人埃克托尔·格洛斯·埃斯彼尔（Héctor Gros Espiell，1973～1981）、厄瓜多尔人何塞·马丁内斯·科波（José R.Martínez Cobo，1981～1985）、委内瑞拉人安东尼奥·斯特姆佩尔·帕里斯（Antonio Stempel Paris，1986～1993）、秘鲁人恩里克·罗曼·莫雷（Enrique Román-Morey，1994～2000）、智利人埃德蒙多·巴尔加斯·卡雷尼奥（Edmundo Vargas Carreño，2001～2007）和墨西哥人佩拉·卡尔瓦罗（Perla Carvalho，为副秘书长，2008～2009）。

现任秘书长是哥斯达黎加驻墨西哥大使希奥康达·乌贝达·里维拉（Gioconda Ubeda Rivera）。她出生于1959年，从1986年起从事外交工作。是联合国、联合国开发计划署、国际红十字会等国际组织的顾问。在2009年11月举行的拉美禁核组织第21次全体大会上当选为秘书长，任期为2010～2013年。