加国联的常设机构为部长理事会与秘书处。

部长理事会由各成员国委派一名部长组成，是联盟的主要政策制定和管理机构，每年举行一次会议。它下设5个特别委员会，包括：贸易发展和对外经济关系特别委员会、运输特别委员会、可持续旅游业委员会、自然灾害特别委员会、预算和管理委员会。此外还设有一个特别资金代表委员会，负责监督资金使用和计划落实情况。

部长理事会的主要职责是负责确定联盟的发展路线、政策与计划；审查与批准两年期的联盟工作计划与预算方案；审查与确定有关成员资格、联系成员资格或观察员资格的申请；确定联盟的“社会伙伴”；任命秘书长以及秘书处的其他高级官员；制定有关联盟行使职责的行动规则和指导原则；批准有关秘书处运转的规则；授权秘书长与其他国家、国家集团、政治实体、机构或组织进行谈判和缔约；提议对《成立加勒比国家联盟协定》进行修改，或接受联盟成员的相关提议；就有关《成立加勒比国家联盟协定》的解释进行裁定；履行成员国首脑会议赋予的其他职责。部长理事会在应对实质问题上采取全体一致原则，在程序问题上采取三分之二多数原则。1995年以来，加国联按照惯例每年举行一次部长理事会会议（仅2005年暂停）。2009年1月，第14届部长理事会会议在海地举行。

秘书处应当积极协助部长理事会及其下属的特别委员会完成各项工作，其具体职责有：协助部长理事会和特别委员会制定和实施政策计划；与其他次地区组织、地区组织和国际组织保持联系；发起、组织和实施有关一体化问题的研究，尤其关注贸易、投资和经济与社会发展；搜集和保存信息，并将之提供给成员国和联系成员，以及其他相关实体（根据部长理事会决定）；为部长理事会和特别委员会的会议提供服务，并以适当的行动执行这些会议做出的决定；在联盟工作计划的框架内协调捐赠机构、国际机构、地区机构和国家机构的行动；制定联盟预算草案，以便预算和管理委员会对其进行两年一次的审议，并提交部长理事会审议和批准。秘书处位于特立尼达和多巴哥首都西班牙港，工作语言为英语、法语和西班牙语。