加国联成立后，共有4人先后担任秘书长。前三位分别是委内瑞拉人西蒙·莫利纳·杜阿尔特（Simón Molina Duarte，1995～2000）、牙买加人诺曼·格文（Norman Girvan，2000～2003）和多米尼加人鲁文·西利埃（Rubén Arturo Silié Valdez ，2004～2008）。

现任秘书长为危地马拉人路易斯·费尔南多·安德拉德·法亚（Luis Fernando Andrade Falla）。安德拉德为职业外交家，曾任危地马拉驻古巴临时代办和公使衔参赞、危地马拉驻中美洲一体化体系临时总统代表和外交部副部长。在2008年1月举行的第13届部长理事会会上当选秘书长，任期四年。