拉美主教理事会由下属主教会议的主席及一名代表、理事会主席团成员和下设各部门的负责人组成。每两年召开一次理事会例会。主席团由主席、第一副主席、第二副主席、经济委员会主席、秘书长组成，任期4年。拉美主教理事会下设经济委员会和秘书处。经济委员会负责管理理事会的财产和资金。秘书处是拉美主教理事会的常设执行机构，其职能包括4个方面：一是维护和宣传天主教信仰，包括捍卫教会信仰、传教、出版刊物、进行广播影视宣传等；二是开办教会学院，培养教士；三是教化青年；四是在非教徒中传教。此外，秘书处还负责与美国、加拿大、西班牙、葡萄牙的天主教机构进行联络。秘书处下设教会团体与对话、传教与圣灵论、使命与职能、家庭与生活、文化与教育、公正与团结、交流7个部门。每个部门又设有若干个分管不同事务的处。

拉美主教理事会开办了拉丁美洲神学院，负责培养神职人员。该学院于1974年在哥伦比亚的麦德林成立，后迁往波哥大。目前学院设立了一个博士学位和若干个学士学位，并定期开设各种专业培训课程。

近年来，拉美主教理事会为了加强对拉美现实问题的研究，以便更好地开展传教活动，创办了“牧灵观测站”（Observatorio Pastoral）。其主要任务是研究拉美社会、文化、经济、政治、宗教等问题，为各下属宗教会议提供信息支持。拉美主教理事会另一个研究中心是“拉美牧灵圣经中心”（CEBIPAL），其主要任务是对圣经内容进行研究、解释和传播。

拉美主教理事会下设的“约瑟夫·霍夫内尔红衣主教”图书馆，拥有25000册图书和400多种杂志，供神职人员借阅。

拉美主教理事会的资金来自于下属各主教会议根据自身条件的捐资和其他一些国际组织的捐助。