代表大会是美洲基民组织的最高权力机关。每三年召开一次，必要时可召开特别大会。代表大会的主要职能是推进和发展基督教民主思想、确定总体指导方针和政策、批准新会员组织的入会申请、讨论并修改章程、选举领导委员会等。

理事会是美洲基民组织的全权代表机构，由各成员党的主要领导人和顾问组成。每年召开一次会议，负责决策某项政策或战略、审议并批准领导委员会的报告、评估代表大会所作决议的进展情况等。

领导委员会是美洲基民组织的常设代表和领导机构，负责具体执行代表大会和理事会制定的总体方针和政策，对外代表美洲基民组织并以组织名义发布宣言，保持与其他基督教民主组织的关系等。领导委员会每年召开3次会议。领导委员会由主席团和执行秘书领导的执行秘书处两个部分组成。前者的成员包括主席、4名分别负责政治行动、内部促进、培训和主题焦点的副主席、5名分别代表北美洲、墨西哥和中美洲、加勒比地区、安第斯地区和南锥体地区的副主席，以及“美洲基民组织拉美议员运动”的主席。领导委员会成员任期3年，可连选连任一次。

执行秘书处是美洲基民组织的执行机构，负责处理由领导委员会和主席团交办的事务。执行秘书由领导委员会主席指定。

此外，美洲基民组织还包括两类特殊机构。第一类是职能机构，指美洲基民组织下属各政党和运动内部的各个利益集团，包括“美洲基民组织青年”（la Juventud de ODCA，JODCA）、“美洲基督教民主妇女”（las Mujeres Demócratas Cristianas de América，MUDCA）、“拉丁美洲基督教民主劳工阵线”（el Frente de Trabajadores Latinoamericanos DC）。这些机构隶属于美洲基民组织，其政策措施要符合美洲基民组织的原则和立场，但具有自治性，在执行政策过程中可从自身特点出发选择合适的方式。美洲基民组织与这些机构之间可相互参与对方的决策。

第二类是专门机构，指地区性的培训、研究机构和文献信息中心，以及旨在协调和推动各级议会行动的基督教民主运动或团体。这类机构包括“美洲基民组织拉美议员运动”（El Movimiento de Parlamentarios Latinoamericanos de ODCA，PARLAODCA）、“美洲基民组织市长网”（la Red de Alcaldes de ODCA）、“拉美基督教人道主义培训学院网”（la Red Latinoamericana de Institutos de Formación Humanista Cristianos，RELAIF）、“美洲地区、城市和社区基督教民主参与运动”（Movimiento de Participación Regional，Municipal y Comunitaria Demócrata-Cristiana de América）。其中“美洲基民组织拉美议员运动”是为了协调和支持各国的立法活动而创办的一项运动，已经在各国的立法机关中取得了重要地位。而“拉美基督教人道主义培训学院网”中包括了一批地区性的教育和培训机构，主要进行信息收集、研究等活动。这些机构由领导委员会确定和承认，并在美洲基民组织的资助下开展工作。