全体会议是拉美政党常设大会的最高领导机构，由大会的所有正式成员党组成。每年定期召开一次会议，因特殊原因还可举行若干次特别会议。提交全会讨论的议题要经投票表决。

协调委员会是全体会议休会期间的最高权力机构，主要职能是按照全体会议提出的方针、宣言和决议确保大会工作的连续性。其成员由全体会议选出，任期3年。最新一届协调委员会由1名主席、1名主席助理、16名副主席、1名秘书长、3名副秘书长和1名技术秘书处的官员组成。

秘书处是拉美政党常设大会的执行和联络机构，负责执行全体会议和协调委员会的各项决议，筹备和组织会议及各类活动，联络各成员政党，通报领导机构的决策和决议，制定预算，管理资金等事务。秘书处由秘书长和副秘书长共同组成。现任秘书长是墨西哥革命制度党的塞尔索·乌姆韦尔托·德尔加多（Celso Humberto Delgado）。

拉美政党常设大会还下设两个机构性的委员会：财政管理委员会和入会委员会，后者主要负责分析和评估加入拉美政党常设大会的申请事宜。另外设有若干个常设委员会，专门研究国际经济关系、政治体制与民主实践、工业和就业政策、能源政策、一体化、生态环境、文化与大学、毒品贸易、移民、人权和加勒比问题等。

拉美政党常设大会的经费主要来自各成员党缴纳的会费。