拉丁美洲理事会（以下简称“拉美理事会”）是拉美经济体系的主要决策机构。由各成员国政府任命一名全权代表组成，每年举行一次会议。主要职责有：确定拉美经济体系的总体政策；选举或罢免常务秘书和副常务秘书；批准自身以及拉美经济体系其他常设机构的程序规则；审议和批准常设秘书处呈交的年度工作报告；批准拉美经济体系的预算和财政报告，确定各成员国的资金配额；审议和批准拉美经济体系工作纲要；审议各行动委员会的工作报告；对《巴拿马协议》的条款进行解释；批准成员国对《巴拿马协议》的修改建议；评估、指导和批准拉美经济体系各机构的活动；批准拉美和加勒比国家在处理与国际机构、其他地区国家或国家集团的经济和社会事务时所奉行的共同立场或共同战略；审议常设秘书处递交的建议和报告；决定何时举行特别会议；批准有关贯彻《巴拿马协议》内容的必要措施，并评估其成果；决定其他各项涉及拉美经济体系的事务。截至2009年，拉美理事会已召开35次例会。最近一次例会于2009年10月在委内瑞拉举行。

行动委员会是拉美经济体系的一种灵活性较高的合作机制。当两个以上的成员国对于联合推动某一计划产生兴趣时，可共同组建一个行动委员会，其他成员国可以自由选择加入或退出。每个行动委员会设有自己的秘书处，资金由其成员筹措。既定目标实现之后，行动委员会可以解散，或转变为拉美经济体系的永久性机构。各行动委员会都必须遵循拉美经济体系的宗旨和原则，不得歧视其成员之外的拉美经济体系成员，每年向拉美理事会递交工作报告。目前正在运转的永久性机构有拉美技术信息网和拉美渔业开发组织。

常设秘书处是拉美经济体系的执行机构，其日常事务由常务秘书负责管理。常务秘书由拉美理事会选举产生，任期4年，主要职责有：履行拉美理事会赋予的职责，执行其做出的决定；鼓励和进行基础研究，采取必要措施确定和推动两个或两个以上成员国感兴趣的计划；为行为委员会的工作提供便利，推动它们之间的协调与配合；向拉美理事会提出各方均感兴趣的工作纲要和计划；制定和呈交拉美理事会会议日常草案，供各成员国审议，并负责准备和分发相关文件；制定预算草案和工作计划，并呈交拉美理事会；在拉美理事会例会上呈交拉美经济体系财政报告；在得到拉美理事会批准的情况下，与国际组织、成员国或其他国家的政府机构进行合作，以便开展各类研究项目和计划；召集拉美经济体系各机构的会议；接收各成员国上交的会费，对资金进行管理，实施拉美经济体系的预算；准备年度工作报告，供拉美理事会在其例会上批准；协调各行动委员会年度工作报告的呈交工作；招收和聘用其工作人员。

常设秘书处位于委内瑞拉首都加拉加斯。正式工作语言为西班牙语、英语、法语和葡萄牙语。