部长理事会是拉美一体化协会的最高决策机构，由各成员国的外交部长（或者负责一体化事务的部长或国务秘书）组成。其会议由代表委员会负责安排与召集。部长理事会的主要职责有：根据拉美一体化协会的宗旨颁布规章制度；审查本组织各项任务的成果；依据《蒙得维的亚条约（1980）》第33款的规定，在多边领域采行调整性措施；制定供本组织机构在履行职责的过程中遵循的指导方针；就发展本组织与本地区其他一体化组织或机构的关系制定基本准则；审查与修正有关本组织与其他发展中国家合作以及经济一体化各领域的基本规则；对本组织其他机构提出的问题进行审查和决断；授权本组织其他机构就某一具体事务进行处置；接受新成员国；批准对《蒙得维的亚条约（1980）》进行修改；任命秘书长；批准理事会自身的程序规则。部长理事会第1次会议于1983年11月召开。

评估与趋同大会（也译作“评估与汇总大会”）由各成员国政府指派的全权代表组成，每三年召开一次例会，必要时可召开特别会议。其主要职责有：审查一体化各个领域的运转状况，以及个别成员国之间协定通过多边化实现的汇聚程度，就多边领域的调整措施向部长理事会提出建议；推动各成员国在经济一体化领域采取更大范围的行动；定期审查“区别待遇”的贯彻情况；对扶持欠发达成员国发展的各项制度进行评估，并采行调整措施以便使其更具功效；进行多边谈判，确定和深化地区关税优惠待遇；推动本组织地区层面协定的协商和缔结；完成部长理事会交付的任务；将适宜的研究任务委托秘书处完成；批准大会自身的程序规则。

代表委员会是拉美一体化协会的常设政治机构，由成员国派遣一名有投票权的常驻代表和一名轮值代表组成。代表委员会设一名主席和两名副主席。代表委员会的主要职责有：推动各成员国缔结地区层面的协定；批准有关贯彻《蒙得维的亚条约（1980）》及其补充规则的必要措施；对《蒙得维的亚条约（1980）》进行调整；完成部长理事会和评估与趋同大会交付的任务；批准拉美一体化协会的年度工作计划以及年度预算；确定每一个成员国的会费；根据秘书长的建议调整秘书处的结构；召集部长理事会会议和评估与趋同大会会议；向部长理事会和评估与趋同大会提交建议；向部长理事会递交工作报告；对成员国不遵守《蒙得维的亚条约（1980）》规定的行为提出解决方案；对个别成员国之间签订的协定进行评估；设立辅助机构；批准委员会自身的程序规则。

代表委员会根据《蒙得维的亚条约（1980）》的规定，建立了以下带有咨询、顾问性质的辅助机构：金融和货币事务理事会、金融和货币事务咨询委员会、各国海关负责人会议、预算委员会、贸易促进运输理事会、出口融资咨询理事会、旅游理事会、企业咨询理事会、商品目录咨询委员会、产业理事会、劳工咨询理事会、海关估价咨询委员会、海关事务咨询理事会。这些机构由成员国负责一体化政策的官员和不同行业的代表组成。

2001年，代表委员会通过决议，决定根据需要成立一批工作小组，协助代表委员会的工作。自2006年起，工作小组陆续成立。

秘书处是拉美一体化协会的技术性机构，由技术和行政管理人员组成。秘书长由部长理事会任命，任期3年，可连选连任一次。秘书处在履行职责时需充分保持其国际性，不应接受任何政府或国际组织的指令。秘书处的主要职责有：通过代表委员会向本组织的各个机构递交建议，以便使其宗旨和职责得到更充分履行；在国际经济组织层面代表拉美一体化协会；管理本组织的资产；向成员国提供系统的外贸统计数据；定期评估本组织一体化进程，跟踪本组织的各项活动的进展；制定本组织的年度财政预算，供代表委员会批准；制定本组织年度工作计划，并提交代表委员会。秘书处位于乌拉圭首都蒙得维的亚，正式工作语言为西班牙语和葡萄牙语。