安共体拥有下述组织机构：总统理事会成立于1990年，由各成员国首脑组成，是安共体最高决策机构，负责制定安第斯地区一体化进程中各个领域的指导方针。每年举行一次会议；如果各方认为有必要，也可以举行特别会议。外长理事会和安共体委员会的成员以及其他各机构的代表可以列席会议。总统理事会的职责有：制定安第斯次地区一体化政策；对关系到次地区共同利益的事务进行指导和推动，协调内部各机构的运行；对地区一体化进程的发展和成效进行评估；对共同体各机构递交的报告、倡议和建议进行研究和发表意见；研究一切有关安第斯次地区一体化的事务以及对外发展计划。截至2009年，总统理事会会议共举行17次。最近一次于2007年6月在玻利维亚的塔里哈召开。

总统理事会设立轮值主席一职，各成员国总统轮流担任，为安共体最高政治代表，任期一年。主席的职责主要有：召集并主持总统理事会的定期和特别会议；对外代表总统理事会和安共体；确保总统理事会颁布的指导方针得到安共体各机构的遵照和执行；执行总统理事会交付的各项任务。

外长理事会成立于1979年。由各成员国外交部长组成，为安共体政治领导机构，负责确保次地区一体化目标的实现和共同外交政策的制定与实施。其职责主要有：就与次地区利益有关的事务制定外交政策，为安共体各机构的外交事务确定方向，并进行协调；与安第斯共同体委员会合作，共同制定、执行和评估安第斯次地区一体化的总体政策；执行总统理事会制定的方针政策，确保其他共同体机构同样执行这些方针政策；同第三国或国家间组织或国际机构就外交政策和合作事务签署条约和协定；在其职权范围内协调各成员国在国际事务中的立场；根据《卡塔赫纳协定》的规则和目标，在其权力范围之内，在关系共同利益的事务和行动中代表安共体；在其职权范围内，推荐或采纳确保《卡塔赫纳协定》中的目标完成的措施；确保《卡塔赫纳协定》提出的义务同1980年签订的《蒙得维的亚条约》相互协调一致；批准和修改本组织的规章协定；批准总秘书处制定的规章，以及应安第斯共同体委员会要求做出的修改；在其职权范围内，听取和解决涉及共同利益的所有事务。

安第斯共同体委员会（以下简称“安共体委员会”）由各成员国分别任命一名全权代表组成。其职责为：同外长理事会合作，制定、实施、评估安第斯次地区一体化政策在贸易和投资领域的作用；采取必要的措施，完成《卡塔赫纳协定》所规定的目标，执行总统理事会制定的方针政策；在其职权范围之内协调成员国在国际事务中的立场；确保《卡塔赫纳协定》提出的义务同1980年签订的《蒙得维的亚条约》相互协调一致；批准和修改自身的规章制度；批准、拒绝或修改成员国（单独或共同）和总秘书处递交的建议；同安共体其他机构保持紧密联系，推动各项计划和措施的协调一致，以完成共同的目标；在其职权范围内，就关系到共同利益的事务代表安共体；批准年度预算，评估总秘书处和安共体法院的预算使用情况，确定每个成员国应当缴纳的会费数额；向外长理事会递交总秘书处提出的规章制度。

总秘书处前身为《卡塔赫纳协定》委员会，于1997年8月1日启动，是安共体的常设执行机构，负责向安第斯一体化体系的其他机构提供技术支持。总秘书处的主要职责有：确保《卡塔赫纳协定》的贯彻和执行，以及安共体各项法律规定之间的协调一致；执行外长理事会和安共体委员会交付的任务；制定决议草案，并按照外长理事会和安共体委员会的职责分别向其提交这些草案，推动、加速《卡塔赫纳协定》的执行，以便在最短的时间之内实现其设定的目标；研究并提交有关玻利维亚和厄瓜多尔优惠待遇的必要措施；每年研究并向外长理事会和安共体委员会报告《卡塔赫纳协定》各项目标的执行情况，优先关注公平分配一体化成果的原则，并提出相关的纠正措施；完成安第斯一体化体系其他机构托付给它的技术研究和合作任务；与共同体各成员国相关机构保持永久工作关系；起草每年的工作纲要；推动各成员国负责制定和执行经济政策的机构定期举行会议；同其他地区一体化和合作机构保持工作联系，以增强双方关系和互惠合作；保管各项会议的记录和安共体其他机构的文件，并负责鉴定其真伪；出版有关《卡塔赫纳协定》的官方公报；充当安共体各机构代表大会的秘书处；履行安共体法律所赋予的其他职责。总秘书处设于秘鲁首都利马。

秘书长负责管理总秘书处的日常事务。秘书长的产生需要得到外长理事会成员的一致同意，任期5年，可以连任一次。秘书长可以就秘书处的规章制度向外长理事会或安共体委员会提交动议；向安共体委员会提交年度预算草案；向外长理事会扩大会议提交秘书处年度工作报告。

安第斯议会于1979年10月成立，设于哥伦比亚首都波哥大，为安共体协商机构。目前，议员来自各成员国国会。未来，所有议会成员将通过全民直接选举产生，并保持充分的国别代表性。安第斯议会的主要职责有：从巩固拉美一体化进程的角度出发，推动和指导安第斯次地区一体化进程；审查安第斯次地区一体化进程以及各项目标的执行状况，要求安共体各机构定期提供有关信息；就安共体各机构的年度预算草案提供建议；就安共体各机构的行动或决议提出建议，目的是促使其修改、调整自身的计划目标和制度结构，或制定新的指导方针；向安共体各机构起草的草案提出建议，参与立法进程；促进各成员国在立法方面的协调一致；促进各成员国议会、安共体各机构以及第三国议会设立的一体化机构之间的合作和协调。

安共体法院成立于1983年，设于厄瓜多尔首都基多，为安共体司法机构。由4名法官组成；各成员国有权指派1名法官。主要职责是调解争端，并有权对未执行该组织条约的成员国实行制裁，为一体化进程提供司法保障。在执行安共体法律过程中出现的争端都依照《建立安第斯共同体法院条约》进行解决。安共体法院有权解释安共体做出的所有决定；如果发现一项决定与安共体法律制度相违背，可以宣布其无效。

除上述机构外，安共体还设有两个下属金融机构——安第斯开发公司和拉美储备基金，两个咨询机构——安第斯企业咨询理事会和安第斯劳工咨询理事会，以及两个社会文化机构——安第斯卫生组织和安第斯西蒙·玻利瓦尔大学。

安第斯开发公司成立于1968年，是一个多边金融机构，负责为成员的可持续发展和地区一体化提供金融支持。总部位于委内瑞拉首都加拉加斯。公司的主要股东是安共体4个成员国和委内瑞拉，其他股东包括阿根廷、巴西、西班牙、智利、哥斯达黎加、牙买加、墨西哥、巴拿马、巴拉圭、多米尼加、特立尼达和多巴哥、乌拉圭12个国家，以及14家私人银行。经过40多年的发展，安第斯开发公司已经成为安共体成员国的一个重要的多边融资渠道。2001～2005年，安第斯国家通过多边金融机构获得287.64亿美元，其中约54%（155.92亿美元）来自该公司。拉美储备基金主要通过提供信贷或向第三方提供贷款担保为安共体成员国提供国际收支援助。它的前身是安第斯储备基金。总部位于哥伦比亚首都波哥大。

以上机构连同2001年签署的《西蒙·罗德里格斯协定》共同组成安第斯一体化体系（SAI）。一体化体系代表会议每年举行一次，由外长理事会主席负责召集和主持。