安共体总秘书处成立以来，共有四人先后担任秘书长。前三任分别是委内瑞拉人塞巴斯蒂安·阿莱格雷特（Sebastián Alegrett，1997～2002）、哥伦比亚人吉列尔莫·费尔南德斯·德索托（Guillermo Fernández de Soto，2002～2003）、秘鲁人阿兰·瓦格纳（Allan Wagner Tizón，2004～2007）。

现任秘书长弗雷迪·埃勒斯·苏里塔（Freddy Arturo Ehlers Zurita），1945年生于厄瓜多尔首都基多。曾在厄瓜多尔中央大学学习法律，在荷兰和美国学习电视专业，拥有30多年职业记者的从业经历，已撰写1000多篇新闻报道和文章。1980～1988年，曾任《卡塔赫纳协定》委员会安第斯电视计划的负责人。1990年至今一直担任厄瓜多尔收视率最高的节目《电视》的导演。曾作为记者和学者多次应邀访华。在1996年和1998年两次作为总统候选人参加厄瓜多尔大选。2002年当选为安第斯议会议员，后当选副议长。2007年1月当选安共体秘书长，任期5年。