《欧鲁普雷图议定书》规定，南共市的组织机构包括：共同市场理事会、共同市场小组、贸易委员会、议会联合委员会、行政秘书处、经济和社会咨询论坛。其中前三个机构是南共市的决策机构，其决定、决议或指令对成员国具有强制性，其执行必须经过所有成员国的一致同意。近年来，南共市对部分机构的名称和职能进行了一些调整，但组织框架基本没有改变。2002年，行政秘书处更名为“秘书处”。2003年10月，南共市常设代表委员会成立。2007年5月以后，议会联合委员会被南共市议会所取代。

共同市场理事会（以下简称“理事会”）为最高决策机构，负责共同市场的政治领导和决策。理事会由成员国的外交部长和经济部长组成。理事会主席由成员国外交部长轮流担任，任期半年。理事会的主要职能是：对共同市场进行政治指导，并作出决策，以确保《亚松森条约》确定的目标如期实现；提出共同市场发展的措施；行使法人资格，与第三国、国家集团和国际机构谈判或签署协议；筹备和组织成员国首脑会议和各领域的部长级会议。理事会有权确定或修改对外共同关税。理事会会议可根据需要随时召开，至少每半年举行一次，必要时可召开若干次。会议由成员国外交部长协调，可邀请其他部长和部级机构代表出席。

2003年10月，理事会通过决议，成立南共市常设代表委员会。该委员会由六人组成，包括主席和每个成员国各一名常驻代表。主席一般由政界要人担任，任期为两年。2003～2005年，这一职务由阿根廷前总统爱德华多·杜阿尔德（Eduardo Duhalde）担任。南共市常设代表委员会的主要任务是配合理事会及其轮值主席的工作，加强南共市内部的经济、社会和议会关系，代表南共市参加国际谈判。

理事会下属的政治咨询和协调论坛负责协调组织文化、教育、内政、司法、社会发展、人权等方面的部长级会议。

共同市场小组是南共市的执行机构。其职能是负责实施《亚松森条约》和理事会通过的各项决议；就执行自由贸易计划、协调宏观经济政策、与第三方谈判、解决市场内部争端等问题提出具体的实施措施；监督贸易委员会和行政秘书处的活动；拟定保证共同市场正常运行的工作计划；建立下属工作小组，制定工作计划，协调和指导他们的工作，召开专门会议处理其提出的问题。共同市场小组由成员国各派4名正式成员和4名候补成员组成，分别代表外交部、经济部或相关的部级机构（工业、贸易或经济协调部门）和中央银行。共同市场小组主席由成员国轮流指派，任期半年。共同市场小组至少每三个月召开一次正式会议，必要时可召开特别会议。

为协调宏观经济和部门经济政策，共同市场小组下设14个工作小组，负责协调通信、矿业、能源、工业、农业、劳工就业和社会保障、环境、卫生、技术准则、运输、金融、投资、电子商务、机构事务等政策。它们的职能是就重要问题向共同市场小组提出建议，以便后者通过有关决议。每个工作小组每季度召开一次会议，在成员国轮流召开，或在秘书处所在地举行。在提案准备阶段，吸收成员国私人部门代表参加；在做决议阶段，只有官方代表参加。共同市场小组还下设了若干专门会议和特别小组，负责就需要特别关注的问题进行讨论，并向共同市场小组提交建议。另外，共同市场小组还有一些附属机构，如南共市培训学院、南共市社会劳工委员会、南共市民主观测站、南共市劳动力市场观测站，等等。

贸易委员会是共同市场小组的协助机构，负责南共市一切与贸易和关税相关的事务，具有决策权。贸易委员会由每个成员国各派4名非部长级成员组成，至少每月召开一次会议。主要职能是负责监督实施成员国共同贸易政策措施；审议成员国提出的与对外共同关税和其他共同贸易政策的实施有关的申请；向执行机构提出建议，提出新的或修改原有的贸易和关税准则。贸易委员会下设7个技术委员会，负责向贸易委员会提出建议以供决策；此外，还设有一个贸易保护委员会。

议会联合委员会是成员国立法机关的代表机构，无决策权，具有咨询和协商的性质，由各成员国议会委派的16名议员组成，任期为两年，其工作由成员国总统组成的主席团协调。其主要职能是保持各成员国议会之间的信息联系；协调各国议会工作和立法；推动南共市各有关机构出台的标准尽快得到各成员国的审议批准；为建立南共市议会做准备工作；分析一体化进程中遇到的问题，向理事会提出有关一体化运行的建议。议会联合委员会每年召开两次会议，特殊情况下可由成员国总统召集特别会议。

2004年12月，议会联合委员会受理事会的委托，开始草拟成立南共市议会的文件。2005年12月9日，南共市议会正式成立。2007年5月7日，南共市议会在乌拉圭首都蒙得维的亚举行首次会议，这标志着南共市议会的正式启动。来自5个成员国（包括委内瑞拉）的议员出席了会议，他们被授权加强地区一体化，协助巩固这个集团。乌拉圭副总统诺沃亚（Rodolfo Nin Novoa）称这个新的机构将“使一体化进程更加符合现实，更有效率，有多元化的代表性，使贸易协议和发展政策等领域取得进展”，并有助于克服地区不平衡。这次会议后，议会联合委员会不再存在。

南共市议会是独立和自治机构，不具备决策职能，主要任务是推动民主和保护人权。议会每年须提交一份关于本地区人权状况的报告，还要对南共市所有决策机构的决议、方针、政策提出意见和建议。议会下设10个委员会。议会会议每月召开一次，可通过网络进行，无须议员亲自出席。南共市议会实行一院制，由90名议员组成，每个国家18名。2011年以后，议员的选举机制将逐步改变。从2014年起，南共市议会议员将通过直接普选产生。现任议长为阿根廷参议员何塞·胡安·包蒂斯塔（Jos Juan Bautista）。

南共市秘书处成立于1994年，设在乌拉圭首都蒙得维的亚，负责向南共市下属的其他机构和部门提供服务。2002年以前，它的主要工作包括处理日常事务，保管文件和档案、出版和发放公报、为南共市各类会议提供后勤保障等。2002年以后，随着一体化进程的加快，秘书处的职能扩大到技术支持和技术咨询。2007年，秘书处设立了3个技术性部门。

南共市常设审查法庭是南共市的司法机构，成立于2002年2月18日，自2004年8月13日起正式启用。所在地为巴拉圭首都亚松森。南共市常设审查法庭由5名成员组成，其中4名由各成员国直接任命，任期2～3年，可连任2次；第5名成员作为法庭庭长，须经成员国一致同意，任期3年，无特殊情况不得连任。南共市常设审查法庭一方面直接受理国家或个人提出的针对成员国的投诉；另一方面也负责对特别法庭作出的判决进行审查。

经济和社会咨询论坛是南共市经济和社会部门的代表机构，具有自治性，但无决策权。由南共市成员国的私人部门和非政府组织组成。关税同盟、一体化进程、对外关系和社会问题是经济和社会咨询论坛重点关注的4个领域。该论坛的全体会议每年召开两次，由成员国各派9名代表出席，其中4人来自工会系统，4人来自企业界，1人来自消费者组织。1998年，经济和社会咨询论坛创办了妇女论坛，以推动南共市成员国的性别平等。

南共市的其他重要机构还有劳工行政法庭和南共市法治国家促进中心。