中美洲的哥斯达黎加、危地马拉、洪都拉斯、尼加拉瓜和萨尔瓦多五国，在殖民时期曾是西班牙的5个省。独立后成立过中美洲联邦，后因内部分歧而解体，成为5个共和国，但政治统一的影响依然存在。此后，中美洲国家从未放弃实现一体化的尝试。

1951年，五国先后成立了中美洲地峡经济合作委员会和中美洲国家组织，这标志着该地区一体化进程的正式开始。在联合国拉美经委会的推动下，这些国家陆续订立了各种多边和双边的关税和经贸合作协定。1958年，五国在洪都拉斯签署了《中美洲经济一体化和自由贸易多边条约》，就这些国家的关税统一问题和避免本地区某些工业部门重叠的问题做了规定。1960年初，危地马拉、萨尔瓦多和洪都拉斯三国签订了《经济联合条约》，规定对大多数商品取消关税，实行自由贸易，同时资本和人员可自由流动。不久，尼加拉瓜也签字加入。1960年12月13日，上述四国在尼加拉瓜首都马那瓜签订了《中美洲经济一体化总条约》（通称《马那瓜条约》），除了承认《经济联合条约》的内容外，还限期取消少数仍存在关税壁垒的商品的关税，并对第三国大多数商品制定共同对外关税。该条约于1961年6月3日生效。1962年7月哥斯达黎加也签署了该条约。中美洲五国于1962年8月2日在哥斯达黎加首都圣何塞签订了建立中美洲共同市场的协议。至此，中美洲共同市场正式成立。总部设在危地马拉首都危地马拉城。

1991年12月，中美洲共同市场5个成员国与巴拿马签署了《特古西加尔巴议定书》，决定成立中美洲一体化体系，以取代原来的中美洲国家组织。1993年，为了建立和巩固在中美洲一体化体系框架内的经济一体化进程，上述六国签订了《中美洲经济一体化总条约议定书》（即《危地马拉议定书》），成立了经济一体化次体系，由中美洲共同市场的5个成员国组成。从此，中美洲共同市场作为经济次体系的一个重要组成部分，与政治、社会和文化等3个次体系，共同构成中美洲一体化体系。