中美洲共同市场成立后，设立了由成员国的经济部长和副部长组成的中美洲经济委员会（即后来的部长委员会）、由各成员国的一名政府官员和候补委员组成的总条约执行委员会、由成员国经济部长、财政部长和中央银行行长组成的三方委员会、常设机构中美洲经济一体化秘书处等机构。

1993年签订的《危地马拉议定书》对中美洲经济一体化次体系的组织机构予以明确规定。后来又进行了一些小的调整。目前，中美洲经济一体化次体系由以下4类机构组成：第1类是领导机关，包括中美洲首脑会议、经济一体化部长理事会、经济一体化部长部门间理事会、经济一体化部长部门理事会和经济一体化执行委员会；第2类是技术和管理机关，包括中美洲经济一体化秘书处、中美洲农牧业理事会秘书处、中美洲货币理事会秘书处和中美洲旅游业一体化秘书处；第3类是下属机构，包括中美洲经济一体化银行和中美洲公共管理学院；第4类是咨询机构，指经济一体化咨询委员会。

经济一体化部长理事会由成员国经济部长和中央银行行长组成，负责制定次体系的基本方针政策，确保首脑会议的决议得到执行。

经济一体化部长部门理事会由各部门的部长会议、中美洲农牧业理事会、中美洲货币理事会，以及工业、贸易、基础设施、旅游业、服务业等部门的部长理事会组成。每个部门理事会负责解决本行业的问题，协调部门政策。

经济一体化执行委员会受经济一体化部长理事会领导，由各成员国委派一名常驻代表和一名候补代表组成，主要负责执行经济一体化部长理事会的决定。

中美洲经济一体化秘书处（SIECA），是中美洲经济一体化进程的常设行政和技术机构，即中美洲共同市场总部，享有国际法人资格，负责日常工作。主要职能是确保各多边、双边一体化和自由贸易协定的实施以及经济一体化部长理事会和执行委员会决议的顺利执行，完善中美洲共同市场，促进本地区经济与世界经济的融合，同时进行有关的研究和培训工作。秘书长由经济一体化部长理事会任命，任期4年。

中美洲经济一体化银行成立于1961年，总部设在洪都拉斯首都特古西加尔巴。它是中美洲共同市场的金融机构，负责发放贷款，资助本地区工业企业。

经济一体化咨询委员会由私人机构的代表组成，负责向中美洲经济一体化次体系中的其他机构提供咨询。