根据拉美社科理事会2009年确立的新章程，其组织机构由代表大会、领导委员会和执行秘书处组成。代表大会是理事会的最高决策机构，每2～3年召开一次会议，负责审议领导委员会的提案、财务报告和收支预算，选举领导委员会成员，批准新会员，讨论理事会的学术计划和方针等。经领导委员会决定，或1/3以上会员申请，可举行特别代表大会。

领导委员会由8名享有较高学术声誉的拉美籍专家组成，任期3年，其中4人可连选连任一次。其职能主要是指导理事会的工作，监督工作计划的执行。领导委员会每年至少召开一次会议，必要时可召开特别会议。每名领导委员会委员均配有一名候补委员。

执行秘书处负责理事会的日常管理、组织和服务工作。秘书长任期3年，可连任一次。