拉美社会科学院的组织机构分为领导机构、管理机构和下属学术单位三级。

领导机构包括代表大会、高级委员会、领导委员会和各学术单位学术委员会。代表大会是拉美社会科学学院的最高领导机构，由所有会员国的代表组成；每两年召开一次会议，负责确定学院的总体方针政策。从1972年召开第一次代表大会起到2008年，共召开18次代表大会。高级委员会由7名设有分院的会员国代表、6名以个人名义当选的会员国知名学者和学院秘书长组成，负责两次代表大会之间的领导工作，每年召开一次会议。现任高级委员会主席是弗朗西斯科·瓦尔德斯（Francisco Valdés）博士。领导委员会由各学术单位负责人、秘书长和一名教师代表组成，负责规划和实施学院的各项活动，每年召开两次会议。学术单位的学术委员会由单位负责人、各研究领域的协调人、一名教师代表和一名学生代表组成，负责对本单位的学术活动进行规划和评估。

秘书处是学院的行政管理部门，由秘书长和4名分别负责学术工作、研究与国际合作、财务工作、减灾与风险管理研究工作的协调员组成。总部设在哥斯达黎加首都圣何塞。秘书处的职能是负责组织和协调整个学院的科研和教学工作。

学院下属的学术单位分为三级：分院、学术计划和学术项目。其中分院要通过学院与有关国家的政府签署协议才可成立。学术计划是学院在某一国家开展的一系列高水平学术活动。学术项目则是在一定时间内进行的特定学术活动。