拉美社会科学学院成立至今，共有9人先后担任秘书长，分别是智利人古斯塔沃·拉各斯·马图斯（Gustavo Lagos Matus，1957～1965）、智利人阿尔韦托·里奥塞科·巴斯克斯（Alberto Rioseco Vásquez，1965～1972）、智利人里卡多·拉各斯·埃斯科瓦尔（Ricardo Lagos Escobar，1972～1973）、阿根廷人阿图罗·奥康纳（Arturo OConnell，1974～1979）、哥斯达黎加人丹尼尔·卡马乔·蒙赫（Daniel Camacho Monge，1979～1984）、危地马拉人埃德贝托·托雷斯·里瓦斯（Edelberto Torres Rivas，1985～1993）、墨西哥人胡里奥·拉巴斯蒂达·马丁·德尔坎波（Julio Labastida Martín del Campo，1993～1996）、多米尼加人威尔弗莱多·洛萨诺（Wilfredo Lozano，1996～2004）、智利人弗朗西斯科·罗哈斯·阿拉贝那（Francisco Rojas Aravena，2004年起）。

拉美社会科学学院现任秘书长弗朗西斯科·罗哈斯·阿拉贝那，在荷兰乌得勒支大学获政治学博士学位，是国际关系和国际安全问题专家。1996～2004年，曾担任拉美社会科学学院智利分院院长。从事过教学和咨询等工作。2004年当选为拉美社会科学学院秘书长，任期4年，2008年获得连任。他撰写和主编了10多部著作，包括《美洲的国际合作与安全》（1999）、《阿根廷、巴西和智利：一体化与安全》（1999）、《人类安全、冲突预防与和平》（2002）、《9·11后的拉美安全》（2003）、《全球范围内的恐怖主义：对拉美和加勒比的影响和预防机制》（2003），等等。