根据章程规定，美洲工联的组织机构包括代表大会、执行委员会、书记处和财务委员会。

代表大会是最高权力机关，主要任务是选举执行委员会成员、主席、总书记等领导，批准管理和财务报告，制定下一阶段的工会政策，审议下属成员提交的工作计划，修改章程等。代表大会会议每4年召开一次，必要时可召开特别大会。参加代表大会的代表根据下属成员组织的规模确定，青年和妇女代表的数量不能少于一定比例。

执行委员会负责执行代表大会的各项决议、组建咨询委员会和工作小组、批准年度预算等，每年召开一次会议。执行委员会由33名成员组成，包括书记处的6名成员、下属成员任命的24名副主席、美洲女性劳动者委员会的主席和副主席、美洲青年劳动者委员会的主席。其中下属成员组织任命的副主席均同时配有2名候补副主席。美洲妇女劳动委员会和美洲青年劳动者委员会是执行委员会的咨询机构。

书记处是美洲工联的常设性管理机构，负责日常工作，每年至少召开两次会议。书记处由美洲工联主席、副主席、总书记以及3名分别负责工会政策和教育、经济政策和可持续发展、社会政策的书记组成。

财务委员会由3名正式委员和2名候补委员组成，负责美洲工联的财务工作。

美洲工联的资金来源包括：下属成员的会费、国际工会联合会的拨款、下属成员或其他个人及机构的捐赠、工会资产的金融收益等。