三国集团的组织机构比较简单。临时秘书处负责集团的协调和组织工作。起初，临时秘书处每年由三国轮流设立。2000年6月在哥伦比亚举行的三国总统会晤决定将临时秘书处的任期延长到两年，以便更好地完成各自的工作计划，并保持一定的连续性。

为了推动成员国之间的经济互补和合作，三国总统批准成立了一批高级小组。1990年11月在墨西哥召开的三国集团部长会议决定建立以下小组：贸易、科技、能源、电信、运输、金融、旅游、文化、环境、渔业和水产业，以及与中美洲和加勒比合作。1998年又成立了教育高级小组；2001年，预防和处理灾害高级小组成立。一共有13个高级小组负责三国集团各项工作的开展。

此外，还有若干委员会和工作小组作为《三国集团自由贸易协定》的执行机构，负责协定的正确执行。