拉美工人中央工会的最高权力机关是每5年召开一次的代表大会，它选出的执行委员会和执行局是最高领导机构，负责两次代表大会期间的组织和领导工作。2004年第12次代表大会选举出的执行委员会由主席1832204、总书记、司库、4名副书记以及27名来自4个次地区性工会联合会以及12个行业工人联合会的委员组成，另有21名候补委员。执行局是常设领导机构，下设4个法定委员会，分管名誉与司法、财务、选举和任免等事务。理事会是代表大会闭会期间的权力机构，由执行委员会成员和各会员组织的1名最高领导人组成，每18～24个月召开一次会议。

拉美工人中央工会下设中美洲工人联合会、加勒比工人理事会、安第斯地区工人理事会、南锥体工人理事会4个次地区性工会联合会。另外，还设有包括退休工人、公共服务业、交通和运输、合作社、社会边缘居民、银行保险、农牧业、商业与私人服务业、旅游业、教育与文化、工业与建筑业、通信业在内的12个全洲性的按行业组成的工人联合会。

拉美工人中央工会设有2个洲际研究和教育机构——拉丁美洲合作与发展协会和成立于1974年、位于加拉加斯的工会学校——拉丁美洲工人大学；另设有5个地区性的研究所。此外，拉美工人中央工会还有6个专门委员会，分别负责工人权利、社会保障、行业协作、女工、青年工人和童工等事务。

拉美工人中央工会的资金主要来自会员缴纳的会费和欧洲工会组织和基金会的捐助。