1992年的《马斯特里赫特条约》（《欧洲联盟条约》）肯定了欧共体法院的判例，在F条第2款（现《欧洲联盟条约》第6条）中明确规定，欧盟建立在自由、民主、尊重人权和基本自由以及法治等成员国共同的宪法原则之上，欧盟尊重《公约》所规定的基本权利。这在某种程度上就赋予了欧共体法院解释《公约》的权力，而欧共体法院的解释完全可能与欧洲人权法院判例的解释不同。同时，在两个法律体系的关系上，由于欧共体不是《公约》的成员，因而按照国际条约法不受《公约》及其议定书规定的义务的制约。这就导致了三个方面的问题：《公约》在由欧共体法院适用时法律基础的不确定；各自判例的分歧造成的风险；在实施监督时的互相干扰。