清廷治下，船山终身著书讲学。其学，远祧文周孔子，近宗横渠，承袭儒家思想，由此他对当时盛行的佛道思想并非完全认同与称扬。其早年所著，如《易外传》、《尚书引义》、《读四书大全说》等，攻之尤烈。至晚年，意气稍平，但于佛之空幻，仍恶之。然而其对于佛家义理，则著有《相宗络索》与《三藏法师八识规矩颂赞》（已佚）。其中，《相宗络索》是其为先开上人所著，对唯识学形成自我之见。传统唯识学之根本，即“阿赖耶识”染净问题，仍未有明确之解决，使唯识学全部系统有陷于虚妄之危。船山以其重气、重实有之思想，对佛学中“唯识学”做阐明之意义即在于此。船山以儒者“仁心”取代如来藏自性清净心，亦复消除此缘起之观念，而代之以对此世界起一道德之观照。他主张“转识成智”为入世的智慧与道德实践。其唯识思想突破了传统佛学之谜思，为当时唯识学一大创新。