本文将创新价值链分为基础研究阶段、应用研究阶段、产品研究阶段。通过构建DEA-Malmquist模型测算各阶段创新的全要素生产率得出，基础研究阶段与产品研究阶段的全要素生产率略高于应用研究阶段的全要素生产率，区域上创新全要素生产率的平均增长速度均呈现由东部到西部逐渐递减特征。在此基础上研究了创新全要素生产率的溢出效应，结果表明：创新价值链三阶段均存在正向溢出效应。在基础研究阶段和应用研究阶段，产品研究阶段创新全要素生产率的空间溢出效应更明显；而在产品研究阶段，应用研究阶段创新全要素生产率的空间溢出效应更显著。另外，东部地区创新全要素生产率的溢出效应比中西部地区更显著。