准噶尔汗国在亚洲内陆的统治和扩张对清朝西北疆域的开拓和治理具有深远影响，为其留下厚重的历史遗产，主要表现在三个方面：准噶尔汗国疆土为清朝所继承，极大地拓展了清朝的西北疆域；亚洲内陆臣属于准噶尔汗国众多部族和政权转而成为清朝藩属，形成清朝西北宗藩体系；准噶尔汗国统治天山南路回部的众多政策措施为清朝稍作变革而沿袭，成为清朝治理新疆的参照和依据。