永嘉南渡后，广陵作为江淮间邗沟的南端，成为移民集聚地，也成为重镇。东晋于广陵所置徐州都督区极不稳定，治所或为广陵，或为京口，或为淮阴。及至刘宋，治于广陵之南兖州得实土，有了固定的辖境，南兖州都督区设置已较为稳定。自宋失淮北之后，南兖州都督区成为对敌前沿、拱卫建康的重要军区，地位日高，稳定辖有南兖、兖、徐、青、冀五州。梁武帝拓地淮北，南兖都督区随之扩大。梁末失淮南地，陈太建北伐又暂得之，重新设置此都督区于广陵。广陵之军事辖区地位在六朝可见一斑。