食品药品犯罪认定的难点主要集中在主观明知、危害结果和停止形态的认定方面。危害结果认定方面，市检三分院结合实际情况，积极探索做法，并形成经验：通过剖析法律规定术语的外延以及限定刑事证据中的“合理怀疑”等方式，解决法律适用和证据采信难题。主观明知和停止形态认定方面，市检三分院结合刑法理论，针对实务中的争议问题，提出对策思考：食品药品犯罪中的主观明知可以通过推定方式进行认定，司法机关应以销售价格、生产、销售场地、涉案人员的职责、经营企业是否履行索证义务、仓储情况作为基础事实，判断涉案人员的主观明知；食品药品犯罪停止形态认定上，司法机关应当以涉案人员实际完成销售行为，作为认定犯罪既遂和未遂的标准。