无论是建康府贡院，还是转运司贡院，二者与明清时期的南京贡院均无直接相承关系。学界流行的“江南贡院始建于宋乾道四年”之说，对江南贡院及其前身的历史渊源理解有误。南京贡院始建于明朝景泰年间，其后一直被沿用、增修。至清代，南京贡院规模之大、布局之巧，位居各省贡院之首。在清末民初南京贡院的处置问题上，江苏、安徽两省均有发言权。南京贡院产权归江苏、安徽两省共有的事实，使两省之间在如何处置贡院问题上展开了长期的利益角逐。苏皖两省之间的利益博弈，也使处置南京贡院的时间一再延迟，为贡院遗迹的保护赢得了相当长的缓冲期。