隋朝以来，特别是明清大运河的贯通促进了常州经济的发展。常州之所以成为区域政治中心、军事要地，一个重要因素就是常州是江南运河枢纽的转输要地，具有上缴和转运财富的功能。由于常州北、东、西三面高，中、南低的特殊地势，导致运河逆流进入长江，加之芙蓉湖逐渐缩小，使得以湖水补给为主的常州府城运河段变成了以江水为主，运河除了江水外失去了其他水系的支持，水源不丰，水系失调成为常州运河面临的最重要问题，作为南粮北运的“大动脉”，常州、镇江两府之间，甚至常州府内各县之间，在运河问题上无法统一和难以达成共识，运河的疏浚与维护参差不齐，导致漕运能力的减弱。晚清时运河枢纽东移无锡，加之海运兴起、铁路修建，常州失去了交通枢纽地位，直接导致近代常州区域经济发展滞后。