印度尼西亚教育体系庞大且多样，自21世纪以来，在各部门的协同努力下，印尼各层级教育（包括学前教育、基础教育、中等教育和高等教育）取得可喜成绩，但是依然存在许多不容忽视的、亟待处理的问题。佐科政府上台后，中、印尼教育开展了富有成效的合作，表现在中印尼副总理级人文交流机制建立并定期举行，中国将中、印尼高等教育合作纳入国家战略目标计划，中国和印尼两国高等教育合作成果颇丰，以及中、印尼在职业教育方面不断探索新路径等方面。中、印尼教育合作中还存在许多问题，比如教育合作领域有限、教育合作非官方轨道缺位、侨民身份被同化、华族语言式微与语言沟通障碍、教育合作热情不高、孔子学院自身存在的问题。为解决这些问题，可以从如下方面入手：宏观上做好顶层设计，完善多层次教育交流机制，坚持“走出去”和“引进来”结合，改变教育合作方式，实行多轨道人文机制，以及增加对非官方轨道的重视以及优化孔子学院的功能。