新时期我国生态用水和水环境面临的形势严峻，亟须进行水生态综合治理。针对水生态治理存在的责任主体不明确、治理能力弱化、治理制度缺失、预警体系薄弱、监管力度不足等问题，提出相应的对策建议，包括完善水生态治理体制机制、改进水生态治理制度、构建流域生态共同体、实行流域生态补偿、强化水生态功能区绩效考核与责任追究、注重水生态治理监测等。