地方政府和职责部门、运行管理单位对农村人居环境长效管护负主要责任，可通过完善管理制度、设立标准规范、优化职能分工、加大财政投入、引入社会资本等方式，推进农村人居环境长效管护。但农村人居环境长治长效涉及多级政府、多个职能部门，不同环节的管理职责单位也有所不同，因此，政府上下层级以及各职能部门的政策目标存在不同，资金、人力、物力等投入方向、力度及时序存在差异，作用于千差万别的资源禀赋、经济社会发展水平以及农户个体需求，导致一系列矛盾和问题。应加快构建政府上下层级及其职能部门、运行管理单位的协同框架，探索跨行政区域协作，提高地方政府农村人居环境管护的机构能力。