2009年，受全球金融危机的影响，上海合作组织区域经济合作进程有所放缓，区域贸易规模下滑，区域内贸易保护主义有所抬头。为了应对金融危机，上海合作组织成员国采取了积极措施，包括加强成员国之间的金融对话与金融监管，大力推动区域内的经济技术合作项目，开拓新的合作领域，如农业和高科技领域的合作等，2009年下半年贸易下滑势头有所减缓，相互投资规模不断扩大。为了使上海合作组织区域经济合作能够持续稳定发展，未来成员国应坚持自由贸易原则，防止贸易保护主义，提高贸易投资便利化水平；加速推进上海合作组织已确定的重点领域合作；进一步深化金融领域合作。