日本在俄罗斯的亚太外交政策中占有重要的位置。

北方领土问题长期以来一直是制约俄日全面发展关系的最重要障碍。“北方四岛”是日本所指的二战中被苏联占领的国后、色丹、齿舞和择捉等4个岛屿。二战结束后，日本一直要求苏联和后来的俄罗斯归还“北方四岛”，并将解决“北方四岛”问题与签署两国和平条约挂钩。由于俄日两国在领土问题上的争执长期得不到解决，作为两国关系基础的和平条约也就迟迟没有签署，两国关系的发展因此受到影响。

1992年2月，叶利钦总统致函日本首相宫泽，称日本是俄罗斯的“根据共同的价值观而结成的伙伴和潜在的盟国”。在领土问题上，俄罗斯曾试图采取加快解决的方针，表示要在“法律和公正”的原则下解决与日本的领土纠纷，希望依此获得日本的大量援助。其具体政策是，通过承认两国间存在领土问题并愿在1956年苏日联合宣言的基础上开始谈判这些立场的变化推动两国关系，首先争取大规模援助。日本则断定俄罗斯在经济援助等方面更有求于自己，因此依然坚持在冷战时形成的“政经不可分”的强硬态度，要求俄罗斯承认日本对北方四岛拥有主权，并强调不解决领土问题就不可能签订俄日和约，也不会提供大笔经济援助。1992年7月日本甚至争取到将日俄领土问题写进七国首脑会议的《慕尼黑政治宣言》。俄日在处理此问题上的分歧，以及俄罗斯国内许多政治势力反对在领土问题上对日本作出任何实质性让步，迫使叶利钦于1992年9月和1993年5月两度推迟访日计划。

1993年10月，叶利钦实现访日计划。双方签署了关于俄日关系的《东京宣言》和《经济宣言》以及日本帮助俄销毁核武器等16个文件。俄罗斯在《东京宣言》中确认“苏联和日本之间缔结的一切条约和国际协议均有效”，从而含糊地表示它将愿意在1956年苏日联合宣言的基础上与日本进一步谈判领土问题。作为回报，日本在《经济宣言》中明确表示将在“均衡地扩大”俄日全面关系的前提下发展同俄的经贸关系，并具体地承诺在能源、钢铁等11个领域同俄罗斯合作。日本首相细川护熙在会谈中还表示日本将加快实施已允诺的46亿美元的对俄罗斯经济援助。1994年4月，日本首相细川护熙回访了莫斯科，明确表示放弃长期以来所坚持的“政经不可分”原则，转而实行“广泛均衡”的政策，即“在保持整体平衡的基础上努力扩大两国的关系”。

1997年11月，时任日本首相的桥本龙太郎访俄时，与俄罗斯总统叶利钦举行会谈时达成了“克拉斯诺亚尔斯克协议”，双方一致同意以1993年10月发表的写明存在“北方领土”问题的《东京宣言》为基础，全力以赴地在2000年内缔结和平条约。1998年4月，叶利钦访日，桥本龙太郎在川奈市向他提出了一个非正式的提案：日俄两国先在北方四岛中最北边的择捉岛以北划定国界，日本可以暂缓要求俄罗斯返还对北方四岛的施政权。这就是“川奈提案”。1998年11月叶利钦提出了暂缓划定国界，首先缔结一项不包括领土问题的“俄日友好条约”的“莫斯科提案”。

日本防卫厅长官1996年对俄罗斯的第一次正式访问和俄罗斯国防部长1997年对日本的回访是俄日政治安全交流中的重要里程碑。

2000年9月，普京对日本进行了为期三天的正式访问。双方签署了在国际事务中相互协作联合声明、经贸领域加强合作纲要，以及涉及在经济、科技、安全、执法等方面开展合作的若干文件。访问恢复了中断两年之久的俄日关系正常化进程，但在解决领土争端和签署和约等问题上未能取得突破。

2001年3月25日，普京和森喜朗在俄西伯利亚城市伊尔库茨克举行会谈，会谈结束后双方发表了联合声明。双方在落实“川奈提案”还是“莫斯科提案”问题上仍然各持己见。

2002年初，日本媒体披露出，在日本自民党和议会中主管日俄关系的前议员铃木宗男的一系列政治丑闻。由此引发了俄日两国政界对领土问题、发展双边关系问题的检讨，两国政府在国内政治力量的压力下一度都不得不作出强硬姿态，使本来就低迷的俄日双边关系蒙上了更厚的一层阴影。两国高级别会晤和一些经贸合作项目也因此搁浅。

小泉纯一郎组成新一届内阁后，2002年夏，俄日尝试发展新关系的努力重又启动。

2003年1月9日到12日日本首相小泉纯一郎对俄罗斯进行了为期四天的访问。普京同小泉就俄日经贸关系、缔结俄日和平条约以及朝鲜半岛局势等问题进行了会谈。会谈后双方签署了旨在深化两国关系的《联合声明》和《联合行动计划》。《联合声明》强调，俄日两国将争取彻底解决历史遗留问题，开创两国广泛合作的新局面，建立符合两国战略和地缘利益的建设性伙伴关系。《联合行动计划》涉及六个领域的合作，宣称，俄日两国今后将在经贸、安全、科技、国际事务、人员交往等领域加强合作。经贸和科技合作将是两国合作的战略重点之一。同时双方将加强军事机构和护法机关之间的人员交往与合作，并在国际舞台上加强合作。两国将致力于推动双方“多层次和全方位的”对话，使两国高层交往“制度化”。

加强在经贸领域的合作是俄日两国建立战略伙伴关系时优先考虑的方面，在历次的两国首脑会晤中都是重点。为此，两国成立了经贸政府委员会。从1998年开始，该委员会每年举行两次会议，对有关经贸问题进行指导、协商。但是实践证明，由于领土问题的羁绊以及俄罗斯投资环境的恶劣，双方在这一领域的进展微乎其微。几年来俄日的贸易额都徘徊在大约50亿美元。双方主要的合作领域仍然是开发西伯利亚和远东能源的合作。

2000年9月俄日双方公布了《俄日深化经贸领域合作的纲要》。2001年日本对俄出口增加了40%，对俄直接投资比前一年增加两倍。为了进一步实施萨哈林石油及天然气工程项目，日本累计投资10亿美元，由日本企业分别出资30%和45%的“萨哈林—1”、“萨哈林—2”两大工程项目进展顺利。

2003年日本加大了推动俄罗斯建设向日本输出石油管线的力度。2003年1月小泉访俄，就能源领域的新合作问题同普京进行了磋商。俄日之间就建设安加尔斯克—纳霍德卡（安纳线）输油管达成重要协议。如果这项俄日经济合作中规模最大的项目得以实施，俄罗斯将每天向日本提供100万桶石油。5月，小泉再次出访俄罗斯，并再次强烈要求俄罗斯对通往日本海沿岸的安纳线优先施工。日本高官也纷纷前往俄罗斯，游说安纳线的建设，表示，如果俄罗斯同意优先修建安纳线，日本将提供75亿美元的资金，协助俄罗斯开发东西伯利亚新油田。2003年9月1日，普京和小泉就远东输油管道问题通过电话进行了商讨。