创新基金在五年实施中，科技部和财政部聘请了一批专家成立了咨询委员会。该委员会三年换届一次，由两部联合发给证书。这种机制形成了专家咨询、政府管理组织实施的一种管理模式。在此要特别感谢专家咨询委员会这几年来为创新基金的科学管理作出的主要贡献。