商业银行内部控制系统是商业银行管理的基础，也是防范金融风险的基础。商业银行内部控制系统分为两部分：内部稽核和内部控制系统。内部控制系统是银行各级管理人员控制日常业务活动的工具。在内部控制系统下，各级管理人员监控各自下层管理人员或工作人员的日常工作，保证资产安全、提高工作效率、督促各级管理人员和工作人员严格遵守银行的各项管理政策和工作程序，各尽其责，不出现违规或越权行为，检查各种数据的准确性和可靠性，防范风险，消除隐患。内部稽核分为定期现场稽核和非现场稽核，内部稽核的目的在于寻找本行的问题区域或隐患，最大限度的减少风险。内部稽核的重要内容之一是定期检查银行的内部控制系统，寻找内部控制系统出现漏洞或不严密的地方，及时采取补救措施。