笔者以为，研究社会现象的社会科学应该遵从从本质到现象的分析逻辑，其研究的一般路线是：首先，透过现象去探究经济现象的本质，辨析事物的本质应该是什么；其次，分析事物的现实状态，阐释事物的现状实存是怎样的；再次，考证引起表象和本质相脱离的因素，探析现状的异化形态因何形成；最后，揭示异化了的事物现状导致的危害，探究如何防止和纠正这种异化趋势。显然，经济学本质上属于社会科学，其研究的经济现象也属于社会现象，因而经济学从根本上也应遵循这种研究路线。实际上，这也是古典主义的基本研究路线，因为大多数古典经济学家都把经济学视为社会科学的一个分支来加以研究，都关注事物的本质。然而，自一群从事自然科学（工程学、数学及其他）的学者发起边际革命以来，经济学就开始把研究对象日益局限于人与物之间的关系层面，新古典主义范式也带上了深重的自然主义思维，并把这种思维推延到社会现象之中，把社会现象及其内在的关系也看成是不变的。正因如此，源于新古典经济学范式的现代主流经济理论基本上都是发展了功能主义的分析思路，它仅仅分析事物的外在表象，而没有揭示其内在实质。

即使就20世纪下半叶兴起的新制度经济学而言，它开始批判新古典主义对制度的舍弃和对人性的抽象，但基本上还是承袭了新古典经济学的分析框架和基本思维，是将新古典经济学的经济理论运用于对法律制度的理解和改进；其理论基础依然是把人视为“自我利益”最大化的实现者，并以经济效益贯穿于其制度分析的始终，从而诸如机会成本、价值、效用、效益、效率等微观经济学理论的一些概念术语都成为制度经济学家经常使用的术语。正因如此，新制度经济学的企业理论存在着严重的局限。（1）它对企业组织的分析基本上都仅仅着眼于企业运行的表象，对企业组织的结构、扩张、治理、产权以及效率的分析都是基于力量博弈的考虑；相应地，它仅仅从市场的交易成本的静态比较中说明企业存在的原因，这不仅没反映出企业组织从其他生产组织演化而来的史实，而且也没为企业组织的运行机理提供真正的认识以及可操作的建议。（2）它承袭了新古典主义把企业组织视为追求股东利润最大化的工具，把雇佣工人以及管理者都视为外在于企业组织，从而没有真正打开企业“黑箱”，没有分析企业内部真正的运作和生产过程，而仅仅考察企业内部的契约关系。显然，这种组织契约与市场契约并没有实质的差别，以致当前包含在企业理论标题下的内容远远少于以追求利润最大化的企业家为重要角色的市场理论。（3）它没有揭示企业组织的实质，也就没有真正去剖析现状偏离本质——企业组织本身发生异化——的原因，而是想当然地把基于力量博弈的均衡存在视为合理；因此，尽管当前有关企业的理论和分析视角精彩纷呈，但由于它并没有为观察企业现状提供一个支点（参照系），从而基本上都无法真正预测企业组织的走向，也无法提高对企业组织的实质性认识。

赫胥黎曾指出，新的真理的通常命运是，以异端邪说开始，以迷信告终。新制度主义企业理论的命运也大致遵循了这一规律，因此，在以交易成本为核心的新制度主义甚嚣尘上的中国经济学界，我们有必要静下心来对这种思潮作一深入的反思。