以体质学说为基础建立的诊疗思维，是王琦教授的重要创见。中医学历来强调因人制宜，重视个体体质差异因素在疾病发生、发展中的作用。辨体论治就是在对不同体质进行分析的基础上，开展临床诊疗的实际应用。王琦教授将辨体、辨病、辨证相结合，建立了“辨体-辨病-辨证诊疗模式”（以下简称“三辨模式”）。“三辨模式”是以体质、疾病、证候三者之间的相互关系为前提，以“体病相关”和“体质可调”理论为依据，以辨体论治为核心的临床诊疗体系。它来源于传统理论，体现于临床实际，是将体质研究成果切入临床应用的新的思维模式。“三辨模式”蕴含了丰富的中医文化与中医哲学的思想内涵。