医学科学不是生活在真空中，而是生活在具体社会形态中，每个人都有自己的价值观、方法论。在西方流行的分析哲学、还原论、实用主义、现象论等对西医影响较大；而中国则有儒、道、释、法家、兵家的文化传统，整体论、平衡论、和谐论对中医的影响较大。中国儒、道、释方法论思想在中医科学中水乳交融，《黄帝内经》等中医文献中包含着丰富的辨证施治及方法论思想。

目前，中医科学创新发展面临几大过渡：一是诠释性向创新性过渡，对中国古典医学名著的诠释，要从当今的视角看，有什么新的含义与发挥。二是零碎性向系统性过渡，对中医方法论的零碎、枝节地探讨向建立起中医科学的范畴、规律、体系化过渡。三是单线研究向比较研究过渡，学界存在一种状况，研究中医与研究西医的互不过问，独钻一门，相互隔离，也不乏相互轻视。只有比较研究才能取长补短，融合创新，达到更高境界。四是“中为中用”向“中为洋用”过渡。中医科学要不断创新发展，为世界瞩目。

中医科学方法论研究方面的薄弱，是中医科学研究发展的一大瓶颈。在中医认知方法论的研讨方面，较多地谈到“整体论”优越于西方的“还原论”，但整体论只是中医科学方法论宝库中的冰山一角。中医科学方法论还包括许多其他的方法论和原理、原则，需要从中华民族五千年儒、道、释、法、兵家、阴阳家等的方法论宝库中加以提炼与升华，并与西方医学方法论进行比较，取长补短，使其成果被世界所接受，并主动融合到西方医学中去升华至更高境界。

本文力图立足中国哲学史及西方哲学史的优秀成果，从康德、黑格尔、西方现代哲学、中国式辩证法的精华，以及中医典籍资料，概括出中医科学范畴的六大论。