中国政府高度重视《公约》在中国香港特别行政区、中国澳门特别行政区和中国台湾地区的适用问题。

中央政府遵循“一国两制”原则和《香港特别行政区基本法》，在与香港特别行政区政府充分协商后，确定了《公约》在香港特别行政区适用的模式。香港特别行政区于2003年通过《化学武器（公约）条例》，于2004年起开始实施。《化学武器（公约）条例》赋予香港特别行政区海关全面的执法权力，违反《化学武器（公约）条例》规定属于刑事犯罪，最高刑罚为终身监禁。香港特别行政区政府对履约相关化学品实行完备的许可证和呈报制度。